Il débute alors une deuxième carrière de pilote, cette fois-ci en automobile. Il s'engage sur le Paris-Dakar dès 1988 au volant d'un buggy. En 1992, il pilote une voiture enfin très compétitive et pour sa première participation au volant d'une Mitsubishi il remporte l'épreuve. Il devient alors le premier pilote vainqueur à la fois en moto et en auto.
Après d'autres participations et d'autres places d'honneur, notamment avec Citroën, Hubert Auriol stoppe la compétition et se tourne vers l'organisation de rallyes raids. Il occupe le poste de directeur du Rallye Dakar de 1995 à 2004.
En 2001, il est l'animateur de la première édition du jeu télévisé "Koh Lanta".
En 2019, est publiée son autobiographie "T.D.S.P.P. (Tout Droit Sur Piste Principale) Sur les traces d'Hubert l'Africain".